PROJET HPCG

Solution informatique permettant de détecter les interactions entre gènes

Etablissement(s)

CNRS, UM, Montpellier SupAgro, INRA

Laboratoire(s)

Biochimie & Physiologie Moléculaire des Plantes (B&PMP) et Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG)

PI

Logiciel

Partenariat recherché

Start-up

Contexte

Les études d’associations en génome entier consistent à rechercher une corrélation statistique entre une variation génétique et un caractère phénotypique. Ces études se sont fortement développée au cours des dix dernières années pour des applications dans le domaine médical ainsi que dans le domaine agronomique pour la sélection végétale et animale.

Les études classiquement réalisés ne s’intéressent cependant qu’aux effets indépendants de chaque variation génétique alors que les phénomènes d’interaction entre plusieurs variations génétiques jouent un rôle majeur (notion d’Epistasie). Il est actuellement impossible de détecter ces phénomènes d’interaction de façon exhaustive et à l’échelle du génome entier en raison de l’augmentation importante des nombres de tests que cela engendre et du temps de calcul associé

Bénéfices

Cette solution informatique est basée sur l’utilisation d’algorithmes originaux et permettrait de détecter les phénomènes d’interaction entre plusieurs variations génétiques de façon exhaustive à l’échelle du génome entier avec un temps de calcul raisonnable.

Applications

-       Sélection variétale et animale (identification de de nouvelles variations génétiques associées à des caractères agronomiques d’intérêt afin d’optimiser les phases de sélection)

- Santé humaine (médecine personnalisée et/ou prédictive)